에밀리오 자신토는 1875년 12월 15일 마닐라의 트로조(Trozo)에서 태어났다. 아버지가 일찍 세상을 떠나 홀오머니 밑에서 성장한 자신토는 삼촌의 도움으로 산후안 데 레트란 단과대학에 입학했고 얼마 후 산토 토마스 대학으로 편입하여 법학을 전공했다.
1896년 필리핀 혁명이 시작되자 자신토는 어머니와 삼촌의 만류에도 불구하고 학업을 중단한채 카티푸난 혁명에 가담했다.

자신토는 19세의 젊은 나이에 카티푸난의 지도층에서 보니파쇼의 자문이자 비서로 눈부신 활약을 보이기 시작했다.
자신토는 당시 카티푸난 혁명의 목적과 활동상을 국민에게 알려주는 역할을 했던 ‘앙 칼라얀' 이라는 신문을 편집했을 뿐 아니라 카티푸난 조직의 규범과 행동지침 등을 담고있는 카티푸난 입문서인 ‘카르틸라'를 손수 집필했다.

이와같이 자신토는 카티푸난의 두뇌역할을 했다고 할 수 있다. 혁명가이자 시인이기도 한 자신토는 그의 시 중에서 가장 유명한 “A La Patria”를 호세 리잘의 “Mi Ultimo Adios”에서 영감을 얻어 쓰기도 했다.
1899년 4월 16일, 에밀리오 자신토는 라구나의 마하이하이에서 벌어진 한 전투중에 중상을 입고 24세의 젊은 나이에 세상을 떠났다.