스페인과 미국에 대항하여 싸웠으며, 아시아 최초 공화국의 대통령으로 선출되었던 사람이 소심하고 수줍음이 많은 성격이었다는 사실은 많은 사람들을 놀라게 한다. 그의 탄생 또한 커다란 망설임 속에서 이루어졌다는 것도 그의 성격을 반영하는 예라 할 수있다.

1869년 3월 26일 당시는 성 금요일로 마을 전체가 고요한 분위기에 휩싸여 있었는대 그의 어머니 트리니다드는 벌써 3일째 계속되는 진통으로 매우 심각한 상태에 놓여있었으며 아이와 산모가 모두 위중하게되자 그의 아버지 칼로스는 바로 곁에서 폭죽을 터트려 트리니다드를 깜짝 놀라게 했으며 그 힘으로 에밀리오 아귀날도가 탄생하게 되었다.

그가 3세, 홍역을 치른 직후였던 1872년 카비테 지역에서 발생한 폭동으로 모두가 피난을 가는 상황이 발생했다. 그때 당황한 친척들이 아귀날도를 작은 나무아래 앉혀놓고 도망했다 다시 찾아왔을때는 개미에게 온몸이 물리고 홍역이 재발하는 바람에 중태에 빠졌었다. 어머니로부터 당시 유명했던 나방과 호롱불 얘기를 듣고 호세 리잘이 아름다운 불꽃이라면 이를 쫓아가다 죽는것은 영광스러운 일이라 생각했던 반면 아귀날도는 밝은 불빛에 현혹되어서는 안된다는 생각을 하게 되었다.

성실한 청년으로 성장한 아귀날도는 1878년 아버지가 사망한 후 어머니를 도와 농장을 일구었고 작은 공장을 경영하기도 했다. 후에 작은 배 한척을 구입하여 민도로와 비사야 지역으로 소금과 볼로 등을 운반하기도 했고 카비테로도 등나무, 왁스, 섬유, 텐 껍질 등의 상품들을 운반해 팔기도했다. 당시 스페인 군인이 강제징병을 일삼자 이를 막기위해 그를 마을의 세금징수 등을 하는 마을 공무원으로 봉사하도록 시켰으며 그는 후에, 카윗 지방관으로 임명되어 가족을 보살피게 되었다.

수줍음과 온화한 성격과 동시에 매우 대담하며 빈틈없는 사람이기도 했던 아귀날도는 당시 금서로 정해져 있던 호세 리잘의 ‘놀리 미 탕게레'를 구해 읽고 마소닉 조직에 가담, 골롬버스를 상징하는 콜론이란 가명을 사용했다. 1894년 당시 스페인 지방관으로 직무하면서도 카티푸난에 가담했다. 그는 막달로라는 이름을 혁명 아호로 정하여 카윗의 수호성인을 기렷다.

여러 카비테 사람들을 비밀조직에 가담시켰으며 2년 후 카티푸난이 발견된 후에도 단원들을 살리고자 스페잉부에 충실히 봉사하였으며 지역의 안전을 위해 스페인 군인 100여명이 필요하다고 설득시켰으나 실패하자 카윗으로 돌아와 산하의 조직원들을 지휘하여 이 지역을 스페인정부로부터 독립 시켰고 에빌리오는 카비테 지역 비밀혁명조직의 지도자로 추대 되었으며 1898년 6월 12일, 필리핀의 독립 선언과 함께 조직의 지도자로 선출되었다. 1899년 말롤로스 국회는 필리핀의 독립을 주창하였으며 헌법을 제정했다.

1월 23일 아귀날도는 아시아 최초 공화국인 필리핀 공화국의 대통령으로 임명되어 그의 직무를 시작했다. 그러나 그해 11월, 필리핀-미국전쟁이 발발하자 아귀날도는 필리핀 혁명군인들을 헤체시키고 게릴라를 모집하여 미국에 대항했다.
그는 1964년 2월 6일, 필리핀 국민들에게 주었던 가장 큰 선물인 독립을 바라보며 사망했다.